Năm 2007, Xí nghiệp Xây lắp số 3 được thành lập dưới danh nghĩa Công ty con của LIDECO với định hướng phát triển trở thành một trong những công ty xây dựng và cung cấp giải pháp môi trường hàng đầu của Việt Nam. Phòng Công nghệ Môi trường (tiền thân của Công ty TNHH ECOBA Công nghệ Môi trường sau này) được lập ra để đáp ứng cho mục tiêu phát triển đó, đánh dấu mốc tham gia vào lĩnh vực xử lý nước thải ngay từ năm 2007 với hàng loạt công trình như: Trạm xử lý nước thải Nhà máy bia Sài Gòn – Nghệ Tĩnh, công suất 2.200 m3/ngày đêm; Trạm xử lý nước thải sinh hoạt và đô thị cho TP. Vạn tường, Quảng Ngãi, công suất 900 m3/ngày đêm; Trạm xử lý nước thải – Dự án cải tiến và mở rộng Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh, Trạm xử lý nước thải Viện Điều Dưỡng TP. Hồ Chí Minh, Trạm xử lý nước thải Viện Y dược học dân tộc TP. Hồ Chí Minh…
Đến tháng 10/2010, Xí nghiệp Xây lắp số 3 đổi tên thành Công ty Cổ phần LIDECO 3, trong đó Công ty mẹ – LIDECO nắm giữ 51% cổ phần. Với kinh nghiệm thi công xây dựng, xử lý nước thải được tích lũy nhiều năm cùng nguồn lực tài chính vững mạnh và các công nghệ tiên tiến, LIDECO 3 đã trở thành đối tác tin cậy của khách hàng trong nước và quốc tế trong lĩnh vực xây dựng nói chung và thi công, xử lý nước thải nói riêng.
Tháng 3/2013, Công ty Cổ phần LIDECO 3 thoái vốn 100% khỏi Công ty mẹ – LIDECO và đổi tên thành Công ty Cổ phần ECOBA Việt Nam, chính thức hoạt động độc lập không phụ thuộc công ty mẹ về năng lực và thương hiệu, tiếp tục thực hiện những bước tiến mạnh mẽ hơn nữa trong ngành Xây dựng Công nghiệp và Xử lý Nước thải.
Tháng 4/2013, ECOBA Việt Nam chính thức tách phòng Công nghệ Môi trường để thành lập công ty thành viên là Công ty TNHH ECOBA Công nghệ Môi trường – tên viết tắt là Ecoba ENT, tập trung vào phát triển chuyên sâu sản phẩm dự án Xử lý nước thải, nước cấp, đặc biệt cho các Khu công nghiệp và khu đô thị và Nhà máy với đa dạng các dịch vụ từ tư vấn thiết kế, thi công xây dựng, cung cấp lắp đặt thiết bị đến chuyển giao công nghệ, vận hành, bảo trì…