Nhóm vi sinh vật ứng dụng phổ biến trong chăn nuôi và thủy sản có vai trò giúp tăng cường sự hấp thu, tiêu hóa, tăng hệ vi sinh vật có lợi cho hệ tiêu hóa – môi trường nuôi trồng, giảm hàm lượng khí độc (NH3, H2S), phân giải hoặc chuyển hóa các chất thải chăn nuôi.
Nhóm vi sinh vật ứng dụng phổ biến trong trồng trọt có vai trò ức chế, đối kháng, cạnh tranh dinh dưỡng các hoạt chất thứ cấp hạn chế sự sinh trưởng phát triển của vi sinh vật gây bệnh hại cho cây trồng; phân giải các hợp chất hữu cơ; cố định đạm, tăng nguồn thức ăn đạm hữu cơ cho cây trồng; xử lý môi trường.